[Template の編集]-[Stylesheet] と進みます。初期状態だとテンプレートのはここのtextarea 内でしか編集できないので、もっと編集をやりやすくするために、サーバ内のファイルに保存するようにします。
「このテンプレートにリンクするファイル」に保存先のファイルのフルパス(ex. "/var/www/html/mt/folder/stylesheet.css")を書きます。次に「出力ファイル名」にさっきと同じファイル名の相対パス(ex. "folder/stylesheet.css")を書きます。最後に、「インデックス・テンプレートを再構築するときにこのテンプレートを自動的に再構築する」のチェックを外します(再構築負荷対策も兼ねて)。
あとはCSS ファイルを直接編集し、保存後リロードすれば即座に編集結果が反映されます。
参考にしたページ：ARTIFACT －人工事実－ | MTでのスタイルシート変更を楽に